Sau cái chết của bố – một người thợ may nhân hậu, Ofelia buộc phải cùng mẹ di chuyển tới phía Bắc Tây Ban Nha, tới chung sống cùng người bố dượng Vidal – một tên phát xít khét tiếng tàn bạo, cũng như cả đơn vị mà hiện gã đang làm chỉ huy, ngay trong thời điểm cuộc nội chiến Tây Ban Nha giữa hai phe cánh Cộng hòa – Quốc gia đang diễn ra vô cùng căng thẳng.
Chính bởi có chất liệu chủ đạo là cảnh chiến tranh, bởi vậy, chất hiện thực trong Mê cung Thần Nông đồng thời cũng là yếu tố được khắc họa vô cùng đậm nét. Trong thiên tiểu thuyết này, chất hiện thực được hiện lên bằng những gam màu xám lạnh của nỗi đau, cái ác và cái chết, nó quánh đặc trong cuộc đời, số phận của mỗi nhân vật và phóng chiếu được cả một giai đoạn lịch sử với đầy những biến động và mất mát.
Dù có xuất thân không giống nhau, song điểm chung dễ thấy nhất ở những nhân vật trong truyện, đó chính là đều buộc phải sinh tồn ở một trong những thời điểm tăm tối nhất của đất nước: Khi chiến tranh nổ ra, chế độ phát xít độc tài đứng lên nắm quyền cai trị. Tuy vậy, mỗi nhân vật cũng đều có những nỗi đau đớn riêng, những bi kịch riêng, bất kể là những nhân vật ở tuyến chính hay thậm chí là những con người không tên, không tuổi. Cái bạo tàn của chiến tranh đã trùm lên cuộc đời họ một bức màn trĩu nặng và tăm tối, đày ải họ trong những ngày dài lặp lại dường như bao giờ có thể nhìn thấy ngày mai.
Ofelia vốn là nàng công chúa Moana của vương quốc dưới lòng đất, giờ đây phải lưu lạc chốn nhân gian. Trong chiến tranh, Ofelia còn buộc phải rời xa mái ấm nơi em đã từng sinh ra và lớn lên, cùng mẹ tới sinh sống tại một doanh trại ở một miền quê hẻo lánh, chứng kiến những tội ác kinh khiếp của bè lũ phát xít và lần lượt nhìn những người mà em yêu quý ra đi. Kinh khủng nhất, Ofelia còn buộc phải gọi tên quái thú tàn bạo là cha, ngày ngày phải chịu đựng sự ghẻ lạnh, chối bỏ và những tra tấn tinh thần từ gã, tới cuối cùng, lại bị chính nòng súng trên tay gã giết chết.
Mẹ em, cô Carmen, là một người phụ nữ hiền từ, nhân hậu. Vì trái tim khát cầu tình yêu, cũng như bởi lòng mong mỏi rằng gia đình mình rồi sẽ có thể sống sót qua cuộc chiến, bà đã chấp nhận “mang danh” là vợ của đại úy Vidal, rời bỏ quê hương và tới sống cùng gã, phần nhiều cũng bởi muốn bảo vệ cho Ofelia và đứa con đang mang trong bụng.
Ferreiro là một vị bác sĩ giàu y đức, tận tụy với nghề. Sống trong thời loạn, song ông không bán rẻ lương tâm, hay sử dụng tài năng của bản thân để kiếm sống trên xương máu đồng bào. Vừa đồng ý chữa trị cho binh lính, cho thân nhân của tên Đại úy trong doanh trại, song ông cũng không ngần ngại lặn lội đường rừng để tiếp tế cho quân du kích và đặc biệt, ông đã giải thoát cho số phận khốn khổ của cậu thanh niên đang bị tra tấn dã man, dù cái kết đang chờ đợi ông có thể chẳng tốt đẹp gì. Thậm chí, ngay cả lúc bị giết chết, Ferreiro vẫn ngẩng cao đầu mà bước đi, cảm nhận viên đạn găm sâu vào tấm lưng mình, day trán mệt mỏi rồi bất ngờ gục xuống. Bi kịch của ông là bi kịch của một con người nhân hậu với lý tưởng sống cao đẹp, song lại không may buộc phải tồn tại trong một xã hội đầy rẫy những kẻ bất lương, bị chính những kẻ bất lương đó đẩy vào con đường hủy diệt.
Cô Mercedes – người hầu gái phục dịch cho quân Vidal trong doanh trại – cái bóng mờ nhạt lặng lẽ đi về từ xó bếp tới bàn ăn, thực chất lại là một đồng minh vững chắc của quân du kích, một trái trái giàu tình yêu và lòng quả cảm. Tuy Mercedes không phải đối diện với cái chết, nhưng bi kịch của cô lại là bi kịch khi buộc phải chứng kiến những người mình yêu thương lần lượt qua đời, từ vị bác sĩ già đáng kính, cho tới đứa trẻ đáng thương mà cô coi như con gái ruột.
Ngay cả tên Đại úy Vidal, một tên phát xít, một con quỷ khát máu, nhẫn tâm, cũng phải ngày ngày phải chịu sự giày vò bởi chính bi kịch trong cuộc đời gã: bi kịch của một kẻ bị ám ảnh về thời gian, về cuộc sống không có người nối dõi. Trong quá khứ, gã luôn bị hình bóng của người cha đã chết đeo đẳng, với câu chuyện về chiếc đồng hồ đã bị đập vỡ ngay thời khắc mà ông ta qua đời. Bởi vậy, ám ảnh bệnh hoạn lớn nhất đời gã không chỉ dừng lại ở việc có một đứa con trai, mà còn là việc bản thân nó cũng sẽ phải biết chính xác từng phút, từng khắc, từng giây khi mà gã không may bỏ mạng. Tuy nhiên, nguyện vọng đáng kinh tởm ấy đã bị Mercedes thẳng thừng từ chối, và trở tiếp tục khiến cho cuộc đời Vidal vốn đã bi kịch nay lại càng chồng chất bi kịch – một bi kịch trớ trêu bậc nhất, đạp đổ lòng kiêu hãnh tự nhận và lớp mặt nạ kì dị mà suốt cả cuộc đời, gã chưa bao giờ ngừng đeo.
Cuối cùng, bi kịch trong thiên tiểu thuyết còn được toát bật lên từ số phận của cả những nhân vật bên lề – những con người thậm chí còn chưa kịp xưng tên, xưng tuổi. Đó là số phận của hai cha con người nông dân săn thỏ bị giết chết trong đêm, là cái kết những người lính du kích vô danh thậm chí còn không đủ thời gian để nói lời trăng trối. Bi kịch của họ đồng thời cũng chính là bi kịch chung của thời đại – bi kịch của chiến tranh, đau thương và mất mát – bi kịch của những con người vô tội bị nghiền nát trong cái cỗ máy xay thịt tàn bạo của chiến tranh.
Mê cung Thần Nông sử dụng nhiều hình ảnh trần trụi tới đáng sợ: những cuộc rượt đuổi, những màn tra tấn; tiếng cười của những tên phát xít và cái lạnh lùng tới rợn người của Vidal khi gã “vờn mồi”. Giữa cái tông màu xám lạnh rùng rợn ấy, sắc đỏ của máu bất ngờ xuất hiện. Nó đi cùng với nỗi đau của một người mẹ ốm yếu, sóng sánh cùng tiếng thét xé lòng của những người tù bị tra tấn, hay hòa cùng nước mắt của một đứa trẻ đầy ước mơ và tình yêu, bị chính cha dượng của mình giết chết, như lại càng khắc họa đậm nét cho cái vẻ hiện thực tàn khốc hiện diện trong câu chuyện.
Bức màn tăm tối của hiện thực, thậm chí còn có khả năng phủ bóng lên thứ ánh sáng cổ tích kỳ diệu, với Thần Nông, với vương quốc Lòng Đất, với những Nàng Tiên và cả một cuộc sống hứa hẹn sẽ chỉ đầy ắp niềm hạnh phúc. Nó làm cho ánh sáng rực rỡ của miền trời cổ tích giờ chỉ còn leo lét như một ngọn nến sắp tàn. Nó lăm le hủy diệt cả những niềm hạnh phúc thơ trẻ, và bỏ ngỏ cái kết truyện trong những lời tự vấn: Liệu tất cả, có phải đơn thuần chỉ là một giấc mơ?